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La sentencia cuenta con el voto particular que formula la Magistrada Ana María Ferrer García, al que se adhiere la Magistrada Susana Polo García. La discrepancia del voto particular con respecto a la sentencia mayoritaria se centra en que la condena por un delito de malversación de los cinco acusados ajenos a la Consejería de Empleo (José Antonio Griñán Martínez, Carmen Martínez Aguayo, Francisco Vallejo Serrano, Jesús Rodríguez Román y Miguel Ángel Serrano Aguilar) no se ajusta a Derecho.
La razón es que, habiendo colaborado con sus actos a la implantación de un procedimiento ilegal para la aceleración y agilización del otorgamiento de subvenciones excepcionales en el territorio de Andalucía, con el fin de atender cuanto antes a los problemas que suscitaba la crisis económica en el ámbito laboral y social, se les pretende condenar en la sentencia mayoritaria no solo por un delito de prevaricación, sino también por un delito de malversación derivado de las conductas que realizaron las autoridades y funcionarios de la Consejería de Empleo en la fase final de la ejecución de los presupuestos. Estas conductas consistieron en distribuir y repartir el importe de las subvenciones en favor de personas y empresas que carecían de derecho a ellas.
De esta forma se menoscabó en cantidades importantes el caudal público, entregándoles sumas relevantes de dinero a personas y entidades de forma ilegal y con grave perjuicio para el patrimonio de la Autonomía andaluza. Siendo lo cierto que ninguno de los cinco acusados referidos intervino en esos actos fraudulentos del tramo final de la ejecución del presupuesto, ni tampoco tuvo conocimiento de que estaban siendo realizados por autoridades y funcionarios de la Consejería de Empleo. A pesar de lo cual, y sin base probatoria para ello, se les condenó por delito de malversación en virtud de un supuesto dolo eventual que en ningún caso quedó acreditado.
En vista de lo cual entienden las Magistradas discrepantes que José Antonio Griñán Martínez, Carmen Martínez Aguayo, Francisco Vallejo Serrano, Jesús Rodríguez Román y Miguel Ángel Serrano Aguilar, debieron por tanto ser absueltos del delito de malversación por haberse vulnerado con su condena el derecho fundamental a la presunción de inocencia.