Se trata de una herramienta interactiva que permitirá controlar la pandamia y detectar las nuevas variantes de coronavirus
La colaboración y coordinación estrecha multidisciplinar (salud pública, asistencia sanitaria y microbiología), dentro del Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, con los científicos del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud está permitiendo elaborar un mapa epidemiológico del Sars-CoV-2 en Andalucía. Consiste en una herramienta interactiva que permite el control de la pandemia, así como la detección de nuevas variantes asociadas a mayor virulencia o transmisibilidad.
Uno de los objetivos principales es poder dibujar un mapa de la evolución del coronavirus en Andalucía y que sirva para su control epidemiológico. Así lo ha estipulado la Consejería de Salud y Familias, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica. Con esta herramienta es posible ver cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios. Asimismo, permite conocer cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y cómo han influido las medidas sanitarias, entre otros aspectos.
Pero además de su valor epidemiológico, la secuenciación genómica de las muestras de pacientes permite realizar un estudio filogenético del virus. De esta forma se muestran las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con mayor virulencia o transmisividad.
Secuenciar el genoma del virus «es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento», explica Joaquín Dopazo, director del Área de Bioinformática Clínica. «Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos, que son luego relacionados con los cuadros clínicos que haya presentado cada paciente del que procede la muestra», señala.
Las bases para un circuito
Este red multicéntrica y colaborativa implica a 15 hospitales de la región, institutos y centros de investigación. Con ella se sientan las bases para un circuito que permite incluir la secuenciación genómica del virus en la práctica clínica por primera vez.
La recomendación de la Ponencia de Alertas y Planes de Preparación y Respuesta y de la Comisión de Salud Pública del Consejo Interterritorial fue de secuenciar entre el 5 y el 10% de los pacientes aislados por coronavirus. Esto tuvo como consecuencia la aplicación de una instrucción en Andalucía para la integración de la secuenciación genómica en la vigilancia del SARS-CoV-2 de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, que pudo ser puesta en marcha rápidamente gracias al circuito que se ha generado con este proyecto. Y es que, según Dopazo, «este proyecto sienta las bases del circuito que hay que realizar para llevar a cabo el proceso de secuenciación que actualmente se realiza en Andalucía».
Dos centros de referencia
En este sentido, para el efectivo desarrollo del trabajo, se han establecido dos centros de referencia para la recepción y secuenciación de las muestras. De una parte, el Hospital Virgen del Rocío de Sevilla para cubrir la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla). De otra, el Hospital San Cecilio de Granada para la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga).
Hasta llegar a estos, otros hospitales y centros de Atención Primaria trabajan de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía. Este sistema está integrado por los profesionales de Salud Pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las Delegaciones Territoriales Provinciales y Servicio de Vigilancia y Salud Laboral. El último eslabón de la cadena es el Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, donde sus profesionales analizan los datos obtenidos de la secuenciación, reportan a los centros de referencia los resultados para que estos informen al Ministerio de Sanidad de los hallazgos en la comunidad andaluza y los incorporan a las herramientas bioinformáticas para su interpretación más detallada.
Tras la valoración de cada caso por los profesionales de Salud Pública, se realiza la secuenciación de aquellos en los que hay sospecha de reinfección; infección con vínculos epidemiológicos con personas o lugares donde se haya detectado una nueva variante más transmisible o virulenta; casos con sospecha de infección por variantes que escapen a la inmunidad; o situaciones en las que se sospecha una alta transmisión o virulencia. Además, se realizará la secuenciación de un número de muestras seleccionadas de forma aleatoria y representativa de las muestras semanales positivas a SARS-CoV-2.
